連続した２筆の土地（300㎡）のうち、北側250㎡を売却しました。
地番 xxx-1（北側） 200㎡ 簿価 60,000,000円
地番 xxx-2（南側） 100㎡ 簿価 15,000,000円
売却後の登記情報を参照すると、２筆の土地を合筆していることを確認しました。
地番 xxx-1（全体） 300㎡ に合筆（xxx-2は閉鎖）
さらに、同日付で売却対象を分筆しています。
地番 xxx-3（北側売却対象）250㎡に分筆
地番 xxx-1（南側残地）50㎡
【質問】
この取引において、北側と南側で取得単価が異なるために
売却原価の計算方法が２パターン考えられます。
パターン１【全体を按分する方法】
（60,000,000円＋15,000,000円） × 250㎡ ／ 300㎡
＝ 62,500,000円
パターン２【北側の全部と南側の半分を売却したとする方法】
60,000,000円＋15,000,000 × 50㎡ ／ 100㎡
＝ 67,500,000円
合筆・分筆を行わなかった場合はパターン２にしかならないので悩まないのですが
今回のように売却の便宜のために合筆・分筆を行うことによって、
パターン１とすべきとの指摘に備える必要が生じました。
納税者の意向としては、当然にパターン２を主張したいのですが、
法律上の観点から分筆・合筆と売却原価の関連について
考え方をご教示頂ければ幸いです。
＞法律上の観点から分筆・合筆と売却原価の関連について
＞考え方をご教示頂ければ幸いです。
売却原価という概念自体が、
民事法の概念ではないため、
法律上の観点からの考え方と直接的な関連が
あるかというと遠いですが、
＞今回のように売却の便宜のために合筆・分筆を行うことによって、
＞パターン１とすべきとの指摘に備える必要が生じました。
ということですと、下記をご参考に
なさってください。
２ 回答
まず、いただいた情報から、
登記簿は、
①２筆→②１筆に合筆→③売却対象を分筆→④売却
という流れになっており、すべて②③④は、
同日付となっているという前提で回答します。
（１）登記から見る形式的な考え方
形式的に登記から判断すると
２筆の土地を合筆（②）
している以上、その土地の評価は
一体となり、その一部を
売却している（③、④）と考え
られるため、
どちらかというと、
パターン１【全体を按分する方法】
に一応は整合的かとは思われます。
（２）実態に基づく反論
しかし、上記の考え方はあまりにも
形式的に過ぎると反論できると思います。
つまり、
＞合筆・分筆を行わなかった場合はパターン２にしかならないので悩まない
という先生のご指摘の通り、
合筆・分筆の登記は売却の便宜のために
形式上なされたに過ぎず、
実質的には、①２筆であったころの
＞地番 xxx-1（北側） 200㎡ 簿価 60,000,000円
＋
＞地番 xxx-2（南側） 100㎡ 簿価 15,000,000円
のうち、北200㎡＋南50㎡
を売却したにすぎないことを主張
することになるでしょう。
また、売却原価に関しては、
今回のケースでは、１筆全体を按分するよりも、
あくまでも取得した実際の金額は、パターン２
による計算がより実態に近いと反論する
ことになるでしょう。
法律上の観点からは、
古い判例になりますが、
最高裁昭和３０年６月２４日判決
http://www.courts.go.jp/app/files/hanrei_jp/460/057460_hanrei.pdf
により、土地１筆のうちの一部を売却することを
認めるものがあり、
形式上の登記の先後は、実態関係に影響を
及ぼすものではなく、
当事者（売主と買主）の契約の意思解釈としては
あくまでも、
＞地番 xxx-1（北側） 200㎡ 簿価 60,000,000円
＋
＞地番 xxx-2（南側） 100㎡ 簿価 15,000,000円
のうち、北200㎡＋南50㎡
を売却する趣旨であることも、１つの反論材料と
して利用できるかと思います。
よろしくお願い申し上げます。