顧問契約書の発行数について

はい。顧問先様がそれでいいということであれば、
特に問題ございません。

基本的に２通作成するのは、契約者どちらにも、
公平に同様の証拠を残すという意味によるものです。

なので、原本を先生の事務所で保管できているので
あれば、先生にとって不利益はありません。

なお、その場合契約書の末尾は、

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本契約の成立を証するため、本契約書を１通作成し、
甲・乙記名押印の上、乙（税理士事務所）が原本を保管し、
甲（依頼者）はその写しを保管する。
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としておけば、実態と整合するので、よりよいかと思います。

よろしくお願い申し上げます。